Bereits 1940 sollte der Hafen Friedrichshafen ein Motorschiff von der Größe des bayrischen MS Allgäu erhalten, das den Namen MS Stuttgart tragen sollte.
20 Jahre später, stellte die Deutsche Bundesbahn ihr erstes großes Dreideckmotorschiff nach dem Krieg in Dienst, das den Namen MS Stuttgart erhielt, und in Friedrichshafen stationiert wurde. Das Schiff erhielt die Schiffsglocke des SD Christoph II.
Das Flaggschiff der Friedrichshafener Flotte ersetzte den 55 Jahre alten, ehemals bayrischen SD Lindau.
Dem MS Stuttgart folgt 1962 das Schwesterschiff MS München und 1964 die Halbschwester MS Konstanz.
Das MS Stuttgart, wurde 1999 nach Lindau verlegt wo es die Kurse des ausgemusterten MS Allgäu übernommen hat.
Im Winter 2001/2002 wurde das Schiff in der Werft in Friedrichshafen komplett überholt und modernisiert.
Zum Beginn der Saison
2006 wechselt MS Stuttgart erneut seinen Heimathafen und wird nach
Konstanz verlegt, um die dortige Flotte nach der Ausmusterung von MS
Überlingen zu ergänzen. Als Ersatz wird MS
Schwaben nach Lindau verlegt.
MS Stuttgart wird auf den Oberseekursen und Sonderfahrten ab Konstanz eingesetzt.
Im Frühjahr 2010 kommt MS Stuttgart zur Landrevision in die Bodanwerft Kressbronn und erhält dort eine neue Motorenanlage.
Am 01.07.2014 kollidiert MS Stuttgart auf einer nachmittäglichen Kursfahrt von Bregenz nach Konstanz beim Ablegemanöver in Friedrichshafen mit der Werftmole und der Hafenmauer, und wird dabei am Heck beschädigt. Drei Fahrgäste werden leicht verletzt, als Ursache wird ein Defekt an der Motorsteuerung angenommen. Nach zwei Tagen Reparaturzeit kann das Schiff seinen Dienst wieder aufnehmen.
Am Abend des 19.07.2015 wird MS Stuttgart während einer Kursfahrt beim Ablegen in Friedrichshafen von einer Sturmböe erfasst und gegen das Heck des am Platz 4 liegenden MS Graf Zeppelin getrieben. Zwei Fahrgäste werden verletzt, an beiden Schiffen entsteht ein beträchtlicher Blechschaden, der bereits am folgenden Tag behoben werden kann.
Im Herbst 2016 wird MS Stuttgart in der Werft in Friedrichshafen generalüberholt. Dabei werden der Rumpf gereinigt und neue Rußpartikelfilter eingebaut. Das Schiff erhält einen neuen Anstrich.
Am 24.07.2018 kommt es während einer Kursfahrt nach Bregenz zu einem Brand an der Auspuffanlage. Das Feuer kann von der Besatzung gelöscht werden. MS Stuttgart kehrt sofort in den Konstanzer Hafen zurück, wo die Fahrgäste sowie die Besatzung das Schiff verlassen. Die alarmierte Feuerwehr überprüft den Motorenraum und kann bald Entwarnung geben. Es entsteht geringer Sachschaden. Bereits am Abend kann MS Stuttgart wieder im Kursverkehr eingesetzt werden.
Im Winter 2019 kommt MS Stuttgart zur Landrevision in die Werft nach Friedrichshafen. Dort werden die Holzplanken auf den Freidecks erneuert. MS Stuttgart erhält einen Neuanstrich. Die bisher roten Elemente an der Rehling und den Aufbauten werden im neuen BSB-Design blau gestaltet. Zudem werden Außentreppen zwischen den achternen Freidecks installiert.
Am frühen Abend des 15.08.2019 springt eine Frau während einer Kursfahrt nach Friedrichshafen auf der Strecke zwischen Konstanz und Meersburg von Bord des MS Stuttgart. Die Besatzung leitet sofort ein Mann-über-Bord-Manöver ein. Die Besatzung des entgegenkommenden MS Karlsruhe kann die Frau mit Hilfe eines Rettungsringes unverletzt an Bord nehmen, und im Hafen von Konstanz den alarmierten Rettungskräften übergeben.